Iniciar una actividad económica en España implica enfrentarse a una serie de obligaciones fiscales que varían de manera significativa según se ejerza como autónomo o a través de una sociedad mercantil (normalmente una Sociedad Limitada, SL). Aunque ambas figuras comparten ciertos deberes tributarios, la forma de tributar, los impuestos aplicables, los modelos a presentar y la carga administrativa difieren notablemente.
En este artículo vamos a explicarte cuáles son esas diferencias fiscales entre autónomos y empresas. Veremos cómo tributan, qué modelos deben presentar, qué novedades hay en materia de cotización, facturación e impuestos, y en qué casos puede resultar más ventajoso operar como persona física o como persona jurídica.
Obligaciones comunes: punto de partida para ambos
Tanto los autónomos como las empresas deben realizar el alta censal en la Agencia Tributaria mediante el modelo 036 o 037, donde se comunican los datos de la actividad, epígrafes del IAE (que identifica el tipo de actividad profesional o empresarial) y obligaciones fiscales periódicas.
Respecto al Impuesto sobre Actividades Económicas (IAE), las personas físicas están exentas, y las entidades lo están siempre que su cifra de negocios no supere el millón de euros.
En cuanto a la facturación, ambos deben emitir facturas conforme al Reglamento de facturación (RD 1619/2012) y conservarlas. Desde 2025 comienza la implantación progresiva del nuevo sistema de facturación electrónica previsto en el Real Decreto 1007/2023 (sistema Verifactu), que establece los requisitos técnicos que deberán cumplir los programas informáticos de facturación. Sin embargo, su uso no es aún obligatorio para todos los contribuyentes: los plazos de entrada en vigor se concretarán por Orden ministerial y dependerán del tipo y tamaño de empresa. Conviene anticiparse y adaptar los sistemas informáticos.
En materia de IVA, tanto autónomos como sociedades presentan el modelo 303 trimestral y el resumen anual 390 (salvo exonerados). Quienes superen los 6.010.121,04 euros de facturación anual pasan a ser considerados grandes empresas, lo que implica obligaciones adicionales como presentar el IVA de forma mensual y llevar libros registro a través del Suministro Inmediato de Información (SII).
Impuesto principal: IRPF (autónomo) vs IS (sociedad)
a) Autónomos: IRPF
El autónomo tributa sus beneficios como rendimientos de actividades económicas en el Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas (IRPF). El rendimiento neto se calcula en:
- Estimación directa normal o simplificada: ingresos menos gastos deducibles.
- Estimación objetiva o módulos: aplicable solo a ciertas actividades y con límites de facturación. En 2025 se mantienen, según lo previsto en la normativa vigente, los topes orientativos de 250.000 € en ingresos totales y 125.000 € en facturación a empresas o profesionales, aunque deben confirmarse anualmente por Orden Ministerial.
En cuanto a los pagos fraccionados, los autónomos en estimación directa deben presentar el modelo 130 con pagos a cuenta del IRPF en abril, julio, octubre y enero. Están exentos de presentarlo aquellos cuyos rendimientos netos —no solo facturación— estén sujetos a retención o ingreso a cuenta en al menos un 70 %. En módulos, se utiliza el modelo 131, también trimestralmente.
b) Sociedad: IS
Las sociedades tributan por sus beneficios en el Impuesto sobre Sociedades (IS).
- El tipo general es del 25 %.
- Las micropymes con facturación inferior a un millón de euros tributan en dos tramos: 21 % sobre los primeros 50.000 euros de base imponible y 22 % sobre el resto.
- Las nuevas empresas y las consideradas startups disfrutan de un tipo reducido del 15 % en el primer ejercicio con base imponible positiva y, en algunos casos, también en el segundo, siempre que se cumplan los requisitos establecidos en la Ley 27/2014 y en la Ley 28/2022 de startups.
La autoliquidación anual se presenta mediante el modelo 200. El plazo para presentarlo es en los 25 días naturales siguientes a los seis meses posteriores al cierre (si cierras a 31/12 → del 1–25 de julio).
Durante el ejercicio deben abonarse pagos fraccionados con el modelo 202 en abril, octubre y diciembre.
Las sociedades también retienen en nóminas, facturas de profesionales y arrendamientos, presentando los mismos modelos que un autónomo (111, 115 y resúmenes anuales).
Diferencia clave: el autónomo liquida IRPF con pagos trimestrales; la sociedad, IS con pagos fraccionados y una declaración anual basada en el resultado contable ajustado fiscalmente.
Retenciones e ingresos a cuenta: quién retiene y qué modelos van
Los profesionales autónomos incluyen una retención de IRPF en sus facturas (15 % con carácter general; 7 % para nuevos profesionales durante el año de inicio y los dos siguientes).
Si el autónomo contrata empleados o paga a otros profesionales, debe practicar retenciones y presentar declaraciones como el modelo 111 (trimestral) y su resumen anual, el 190.
En caso de alquilar un local afecto a su actividad, debe presentar el modelo 115 trimestral y el 180 anual.
Diferencia práctica: una sociedad suele ser retenedora (por nóminas, profesionales o alquileres), aunque no en todos los casos necesariamente; un autónomo lo será si paga salarios, honorarios con retención o alquileres.
IVA: obligaciones compartidas con matices
Tanto autónomos como sociedades presentan el modelo 303 trimestral (abril, julio, octubre y enero) o mensual (grandes empresas, REDEME o grupos) y, en su caso, el resumen anual 390 en enero (no lo presentan quienes están en SII u otros supuestos excluidos).
Si realizan operaciones intracomunitarias deben declarar el modelo 349, y si superan los 3.005,06 € con un mismo cliente o proveedor, el modelo 347.
Las sociedades y autónomos que superan los límites de facturación de gran empresa, o que están inscritos en el REDEME, deben aplicar el SII, lo que exige una gestión mucho más ágil y digitalizada de la facturación. Por eso quienes están en SII no presentan determinados resúmenes anuales porque la AEAT ya dispone de los libros electrónicos.
Diferencia práctica: la mayoría de autónomos liquida trimestral y sin SII; muchas sociedades medianas/grandes pasan a mensual y/o al SII por volumen o por organización interna.
Libros, contabilidad y depósito
- Autónomos: llevan libros registro de ingresos, gastos, bienes de inversión y, en su caso, provisiones/suplidos, además de libros de IVA. Es una contabilidad fiscal más ligera (aunque hay que conservar documentación y archivos que den soporte).
- Sociedades: deben llevar contabilidad ajustada al Código de Comercio y al PGC, legalizar libros y depositar cuentas anuales en Registro Mercantil; según tamaño, puede haber auditoría obligatoria.
Diferencia clave: el autónomo cumple con libros fiscales; la sociedad asume, además, obligaciones mercantiles formales (formulación, aprobación y depósito), con el correspondiente régimen sancionador si incumple.
Dos apuntes útiles que completan el mapa (sin desviarnos del foco fiscal)
- Responsabilidad patrimonial: el autónomo responde ilimitadamente con su patrimonio; existe la figura del Emprendedor de Responsabilidad Limitada (ERL) que puede proteger la vivienda habitual si se cumplen requisitos formales. En la sociedad, la responsabilidad está limitada al capital aportado (con las habituales excepciones por fraude o avales personales).
- Capital social y “Crea y Crece”: hoy puedes constituir una SL con 1 €, con deberes de reserva hasta alcanzar los 3.000 € y salvaguardas de protección a terceros; esto no cambia lo fiscal principal (seguirás en IS), pero facilita el paso a sociedad cuando el negocio crece.
¿Qué conviene más: autónomo o sociedad?
La elección depende del volumen de ingresos, del riesgo de la actividad y de si se prevé reinvertir beneficios.
- Autónomo: adecuado en fases iniciales, con ingresos moderados y cuando se valora la simplicidad administrativa. Resulta más eficiente en actividades de baja inversión y riesgo reducido.
- Sociedad: recomendable cuando los beneficios son elevados y estables (a partir de 40.000–60.000 € anuales puede empezar a compensar), cuando se desea reinvertir en el negocio, acceder a financiación o limitar la responsabilidad patrimonial.
En conclusión, las diferencias fiscales entre autónomos y empresas en España son notables. Mientras el autónomo tributa en el IRPF con un sistema progresivo y menor carga administrativa, la sociedad está sujeta al Impuesto sobre Sociedades con tipos fijos más competitivos y mayores obligaciones contables y mercantiles.
Decidir entre ser autónomo o constituir una sociedad no es solo una cuestión fiscal, sino también estratégica: depende del tamaño del negocio, de la proyección de futuro y del grado de protección patrimonial que se busque. Lo recomendable es analizar los números y, siempre, solicitar asesoramiento profesional para elegir la estructura más adecuada.